Eugenio María de Hostos recibió las influencias del positivismo en sus ideas pedagógicas y en el método una marcada influencia de Pestalozzi y de Froebel. En el aspecto organizativo recibió influencias de las ideas de Lancaster. También recibió influencias filosóficas de Sócrates, Montaigne, Comenio y Rousseau.
Para Hostos, guiado por los principios fundamentales de la pedagogía de Pestalozzi, la educación de las facultades debe ser armónica, progresiva, el educador debe buscar siempre algún ejercicio conveniente al desarrollo de las facultades humanas, el maestro es un auxiliar de la naturaleza, el ejercicio siempre se aplica a un objeto y así debe hacerse en el arte educativo, el mundo que nos rodea estimula el desarrollo de la razón, la enseñanza debe ser adecuada al estado del desarrollo de la razón y a sus objetos propios en cada etapa, la enseñanza debe basarse siempre en los conocimientos previamente adquiridos y la observación es base indispensable de nuestro conocimiento.
Hostos abogó por el derecho del niño a buscar la verdad por sí mismo, a eliminar la memorización mecánica y por la actividad como única forma de crear los intereses cognitivos. También dio importancia al estudio científico bajo el sistema de intuir para inducir, inducir para deducir y deducir para sistematizar.
La educación para Hostos era un proceso de liberación humana a través de la cual se podía conseguir la liberación del colonialismo y podía ser el medio para lograr una transformación de la sociedad. Este pensamiento fue adquirido por Hostos de las ideas krausistas en España. Eugenio María de Hostos veía la educación como el proceso para el desarrollo de la razón, el desarrollo de un hombre completo, lo que incluye, cuerpo, razón, sentimiento y conciencia moral.
Nuestro prócer mayagüezano promovía una pedagogía basada en la ciencia, en la razón científica, altamente inspirada en los valores morales como la responsabilidad, el deber y la defensa por los derechos, una pedagogía tomando en consideración las experiencias del alumno y su motivación y enfocada en el proceso de atender para entender. Para Hostos la atención tenía una importancia capital en el proceso de aprendizaje. Para él, el fin de la educación es social por lo que la educación es una empresa social.
Hostos fue un revolucionario de la educación. Identifica la escuela como un lugar de preparación al niño y cuyo objeto moral es la preparación de conciencia del individuo quien es columna de toda sociedad. Lo que la escuela no realizara podría ser un peligro para la sociedad. Este peligro sería de perturbación en el ritmo del cambio social.
Para Eugenio María de Hostos la educación era el remedio de todos los males sociales. Por eso quería que las escuelas se multiplicaran en número y calidad. También creyó en la educación científica de la mujer para que fuera una mujer completa e integrada a la sociedad con pleno conocimiento de sus derechos y deberes.
